Operando com grande quantidade de passagem de água por todo o equipamento, alguns cuidados devem ser tomados para sempre manter a torre operando com o máximo de eficiência e evitando danos no equipamento. O controle do desenvolvimento microbiológico é um deles.

Assim como no tratamento de água, o tratamento de efluentes conta com diversos processos e etapas, sendo eles uma combinação de tratamentos químicos com os tratamentos biológicos.